中樞小膠質細胞是遍布大腦和脊髓的一種神經膠質細胞。小膠質細胞是中樞神經系統（CNS）的常駐巨噬細胞，約占中樞神經系統細胞總數的 10%，在維持體內平衡、應對損傷和炎癥以及清除細胞碎片方面發揮著重要作用。小膠質細胞功能失調與一系列神經系統疾病有關，包括阿爾茨海默癥和多發性硬化癥。外周小膠質細胞，人體外周神經系統內存在小膠質細胞，打破了學界的傳統認知，是全新發現。物種體型越大，外周神經元胞體越大，外周神經系統中的小膠質細胞數量也就越多；反之，物種體型越小，其胞體越小，外周神經系統中的小膠質細胞數量也就越少甚至就缺失。這就是例如在小鼠和大鼠這一類體型較小的脊椎動物中就并不存在和沒有被發現的原因。
活化的小膠質細胞可以充當抗原呈遞者并分泌細胞因子來觸發后續的免疫反應。通過高度敏感的吞噬過程延伸到多個位置，它們可以連續檢測并吞噬受損的細胞、傳染原、碎片和噬菌斑。由于它們具有監測和清除中樞神經系統的多方面能力，因此這些細胞對于損傷修復反應至關重要，并與神經退行性疾病有關。小膠質細胞在大腦發育過程中也是必需的，因為它們對于樹突狀修剪至關重要，而在成熟的大腦中，它們有助于維持體內平衡環境。
小膠質細胞特異性標志物包括細胞表面標志物、細胞內標志物和功能性標志物。細胞表面標記物是小膠質細胞外膜上的蛋白質，在識別和描述細胞類型、活化和功能狀態以及疾病相關影響方面起著至關重要的作用。細胞內標記物位于小膠質細胞內部，用于研究特定的細胞過程、信號通路和活化狀態。功能標記物與特定的小膠質細胞功能有關，包括炎癥反應、神經保護、組織修復和疾病相關變化。小膠質細胞特異性標記物是研究、診斷和針對神經系統疾病中的小膠質細胞活動進行潛在治療干預的重要工具。通常通過觀察細胞特異性胞內蛋白的表達來確定小膠質細胞，如 Iba1/AIF-1、CD11b 和 TMEM119。F4/80就不用介紹了，巨噬細胞的基礎核心前置標志物。其是一種位于巨噬細胞和靜息小膠質細胞表面的糖蛋白，分子量為 160 KDa。
IBA1/AIF-1 ：離子鈣結合銜接分子 1 (Iba1) 是小膠質細胞和巨噬細胞特異性的鈣結合蛋白，參與激活的小膠質細胞的細胞膜皺褶形成和吞噬作用。是一種進化上保守的鈣結合蛋白。作為 F-肌動蛋白結合蛋白，Iba1/AIF-1 可能會重塑小膠質細胞的肌動蛋白細胞骨架。Iba1/AIF-1 在單核細胞譜系的細胞中專一表達，因此，靶向該蛋白的抗體被廣泛用于標記大腦和其他組織中的小膠質細胞/巨噬細胞。
TMEM119： 是功能未知的跨膜蛋白，幾乎在所有小膠質細胞中均特異性表達。巨噬細胞或其他免疫細胞類型不表達這種受發育調節的蛋白質。檢測 TMEM119 的抗體充當特定的細胞表面標志物，以可視化小膠質細胞。該標志物同時也是鼠源和人源小膠質細胞的特異性標記物。TMEM119 的特點是其不在巨噬細胞或其他免疫/神經細胞上表達，這一點不同于其他小膠質細胞標記物。
CX3CR1：是一種趨化因子受體，存在于CNS中小膠質細胞和巨噬細胞的表面，可被神經元分泌的CX3CL1（趨化因子）激活。CX3CR1是分形趨化因子（Fractalkine）CX3CL1的受體，屬于G蛋白偶聯受體（GPCR）家族。在外周組織中，它主要在巨噬細胞、淋巴細胞、樹突狀細胞等的表面表達，參與細胞存活、增殖、細胞間粘附、遷移等。在中樞神經系統中，CX3CR1主要在小膠質細胞和巨噬細胞中表達，并被用作這些細胞的標志物。據報道，CX3CR1參與中樞神經系統的發育和穩態。特別是，在CX3CR1缺陷小鼠中，小膠質細胞對突觸的修剪不充分，導致神經元之間的突觸傳遞異常，表明CX3CR1在突觸修剪中起著重要作用。
ASC/TMS1： 是由人的 PYCARD 基因編碼的銜接蛋白，通常在單核細胞、小膠質細胞和巨噬細胞的胞核中表達。這種促凋亡蛋白是炎性體的關鍵介質，其響應于病原體感染或組織損傷而被觸發。在此過程中，它重新定位到核周空間，細胞質和內質以及線粒體，在此處它與 Bax 相互作用以觸發細胞色素 c 釋放并引起隨后的細胞凋亡。ASC/TMS1 也是炎癥信號的關鍵組成部分，因為它響應促炎信號激活 caspase-1。
HS1： 是一種蛋白激酶底物，富含造血細胞。在腦中，HS1 在小膠質細胞和單核細胞衍生的巨噬細胞中表達。HS1 抗體是突出小膠質細胞和巨噬細胞胞漿的有用工具。
CD11b：跨膜蛋白、分化分子簇 11b（CD11b）/整聯蛋白 αM（ITGAM）由先天免疫系統細胞中表達的 α 和 β 異二聚體組成。檢測 CD11b/ITGAM 的抗體通常用于鑒定髓系譜系的細胞，包括嗜中性粒細胞、單核細胞、巨噬細胞和小膠質細胞。靜息小膠質細胞表面標記物為 CD11bhi 和CD45low。
CD68： 是一種溶酶體蛋白，在巨噬細胞和活化的小膠質細胞表面表達水平較高，而在靜息小膠質細胞表面低表達水平低。
氯膦酸鹽脂質體體內清除小膠質細胞，是研究其功能簡單有效的方法。當我們在使用荷蘭Liposoma小膠質巨噬細胞清除劑ClodronateLiposomes時，為了檢測清除效果，無論免疫熒光和流式檢測，可以根據小膠質細胞的狀態，樣品特性選擇以上標志物。
